乙型肝炎第三针若因故晚注射了两个月，通常影响不会太大，因为第三针属于加强针。乙型肝炎疫苗一共应该注射三针，按照0、1、6的疗程进行注射。注射第一针之后，有30%的人可以产生乙型肝炎表面抗体，此时抗体并不稳定。注射第二针之后，有90%的人可以产生乙型肝炎表面抗体。
但为了使抗体更稳定，注射第三针之后，有96%的人都可以产生乙型肝炎表面抗体，而且此时抗体更稳定，可以较高水平持续存在。所以，建议三针都要按时注射，但第三针属于加强针，如果因故推迟，通常不会有太大的影响。