蜡样芽孢杆菌活菌胶囊主要是可以调节胃肠道菌群，改善胃肠道的功能。口服这个药物之后蜡样芽孢杆菌会进入肠道，消耗肠道内过多的氧气，可以为肠道创造一个厌氧的环境，这样就能够促进厌氧菌的生长，可以调整肠道的菌群失调，从而改善人体的微生态的环境，达到治疗的目的。
这个药物在临床上主要用于改善患者的腹泻以及肠道功能的紊乱，并且也可以用于肠炎的治疗，主要是起到了调节胃肠道菌群的作用，可以促进有益菌的生长和繁殖，从而抑制了有害菌，保护了肠道的功能。