脑炎的后遗症，需要根据脑炎累及部位决定。对于单纯疱疹病毒性脑炎，往往会出现的后遗症有精神方面症状，还会对认知造成影响，出现记忆力减退、智力下降，一些患者还会有癫痫反复发作。像上述后遗症，对于单纯疱疹病毒性脑炎比较常见。
此外，一些脑炎若没有及时给予诊断和治疗，死亡率相对很高。所以对于脑炎需要及时发现，早期诊断和治疗会更好的改善患者预后。大约60%-80脑炎患者，进过及时治疗之后，都会有比较好的改善。对于极少数患者，没有及时治疗，可能会造成死亡。