骨髓培养一般在临床上用于检测菌血症、不明原因感染的肺炎、控制脑脊髓膜炎、感染性心内膜炎等等，临床应用并不常见。主要用于重症病人不明原因发热、持续时间长、病情复杂，且多种抗生素应用无效。
常规的病原体检查阴性，才会采用骨髓穿刺的血来进行培养，以明确体内造成各脏器感染的具体致病菌是革兰氏阳性菌或者阴性菌，针对性的应用抗生素。
目前因为抗生素的滥用，导致人体内致病菌的级别增高以及耐药性的增加，骨髓培养成为临床最终抗生素用药最重要的手段。但要注意患者目前是否存在禁忌症，如果没有禁忌症，可以进行骨穿。