肌肉萎缩的治疗方法取决于引发肌肉萎缩的病因，应当针对原发病制定治疗方案，并且要做到营养肌肉、锻炼肌肉贯穿始终。在肌肉萎缩的急性期，对于出现严重的肌肉疾病，可能会出现呼吸肌无力而导致呼吸困难，甚至呼吸衰竭的病人，应当给予呼吸机辅助呼吸。
在出现肌肉萎缩的情况时，一般性的治疗包括对于系统性的疾病，如内分泌疾病、肿瘤、感染、颈椎病、腰椎间盘突出等进行原发病的治疗。对于炎症性疾病引发的肌肉萎缩，治疗的目的是抑制炎症和自身免疫反应治疗方案，需要专科医生具体评估。此外，应当避免肌肉萎缩的方法，是尽量多地在安全范围内增加有针对性的肌肉力量的训练，并且病人在饮食方面应当提供足够能量的饮食，保证肌肉的消耗。