治疗钩端螺旋体病的首选用药是青霉素，一般疗程一周左右，它的剂量是40万单位，每6-8小时一次。
在使用青霉素治疗钩端螺旋体病的时候容易出现赫氏反应，所以目前主张从小剂量开始，以后逐渐增加剂量，逐渐过渡到40万单位，或者在使用青霉素的时候同时使用激素，以避免赫氏反应的发生。
赫氏反应是青霉素治疗钩端螺旋体病出现的一种临床症状，它主要的表现是寒战、高热、呼吸、心跳的增快，甚至会出现肺弥漫性的出血，所以必须要高度重视。如果青霉素过敏，可以选择庆大霉素或四环素。