巧克力囊肿患者来月经时疼痛需进行生活调整、药物或手术治疗、检查等，具体如下：
1、注意保温，不要着冷、受凉，并避免服用辛辣刺激性、寒凉性食物，应多吃一些温热食物，可以口服姜糖水或者局部放置暖水袋；
2、可以口服止疼药物，比如芬必得、元胡止痛片等，也可以口服妈富隆、优思明，优思悦等复方短效避孕药物；
3、持续疼痛时需要尽快安排手术治疗，术后需要送病理化验检查；
4、每个人病情不一样，需要具体结合患者的病情、查体、妇科彩超等确定下一步处理方案。