传统的感染性心内膜炎分为急性感染性心内膜炎，主要的致病菌为金黄色葡萄球菌，以及亚急性感染性心内膜炎，主要的致病菌为草绿色链球菌。目前金黄色葡萄球菌已经取代草绿色链球菌，成为感染性心内膜炎的主要致病菌。院内感染所致的感染性心内膜炎与社区获得感染性心内膜炎的致病菌明显不同，社区获得性感染性心内膜炎仍以链球菌为主，院内感染性心内膜炎以金黄色葡萄球菌、肠球菌为主，随着静脉药瘾者的增加，金黄色葡萄球菌成为主要的感染性心内膜炎的致病菌。