尖锐湿疣治疗3年后突然复发，仍然需要按照原发性尖锐湿疣进行治疗。1、肉眼可见疣体的治疗，可以采用物理方法，比如激光、冷冻、电烧等祛除疣体，也可以用化学方法，比如局部涂抹鬼臼毒素软膏等祛除疣体。2、上皮细胞内残留病毒的清除，可以应用抗病毒药物，比如阿昔洛韦、更昔洛韦等，也可以应用增强抗病毒免疫力的药物，比如干扰素等进行治疗。3、特别需要注意的是需要进一步检查，以排除有无导致免疫力低下的情况存在，比如糖尿病、是否有HIV的感染或者应用免疫抑制剂等。