肛门附近长了扁平疣可以采取以下方法进行治疗：首先，如果对于疣体不是很大，没有出现比较严重的瘙痒症状，可以进行药物治疗。可以在患处涂抹干扰素软膏或氟尿嘧啶软膏等。其次，对于疣体比较大而且出现异样病变，可以采取手术治疗的方法，比较常见的手术方法有以下几点：激光、冷冻、电离子等手术方法。最后，需要注意自己的饮食生活习惯的调理，平常要注意多多补充维生素C，多运动，尽量提高自身的免疫力。治疗期间是不可以吃辛辣、刺激性食物。一旦肛门附近长了扁平疣，最好是可以及时去医院相关科室进行检查，并在医生的指导下进行治疗。