糖不耐受是指肠道中的乳糖酶分泌减少，不能够完全消化肠道中的乳糖，从而引起渗透性腹泻。对于重症乳糖不耐受，可以首选去乳糖配方奶粉。如果随着乳糖酶分泌增加，肠道功能完善，可以逐渐习惯为低乳糖配方奶粉。等到经过两周以上肠道功能恢复，乳糖酶分泌恢复正常之后，逐渐再习惯成为母乳或者普通配方奶粉。另外，对于乳糖不耐受，还可以口服益生菌促进肠道功能完善，促进乳糖酶分泌。还可以添加乳糖酶促进乳糖消化、吸收，都有利于缓解乳糖不耐受引起的胃肠道功能紊乱。
对先天性乳糖缺乏，需要终生禁食乳糖。对于一些继发性乳糖不耐受，先要进行原发病治疗。乳糖酶缺乏一般需要1-4周恢复，一些迁延性慢性腹泻或者营养不良，往往需要数周，甚至数月才能恢复，避免滥用抗生素。目前主要还是用无乳糖奶粉以及低乳糖奶粉，和口服外源性乳糖酶，治疗乳糖不耐受。