40天看不到宫内孕囊并不是说一定就是宫外孕，40天看不到宫内孕囊的原因有可能是以下几个方面：
1、宫外孕：胚胎在子宫腔以外着床。
2、胚胎发育过晚：排卵的时间比较晚，精卵结合以后受精卵发育，B超还看不出来，所以这时候也无法确定是宫内还是宫外。
3、胚胎质量不好：在宫内看不到孕囊，胚胎质量不好也可能是宫内孕的胚胎质量不好。
目前确定宫外孕超声检查是必不可少的一项检查，有助于鉴别宫内妊娠和宫外妊娠，也可以有助于明确宫外孕的部位和大小，经阴道、腹部超声检查准确率更高。如果45天看不到孕囊，需要过7-10天以后再重复做妇科彩超，同时也可以动态监测血清HCG的变化情况，或者通过其他的相关辅助检查来明确是否宫外孕，比如诊断性刮宫、经阴道后穹窿穿刺，甚至于腹腔镜检查。