婴儿的肛周脓肿，一般情况下是不会自愈。如果孩子的肛周脓肿比较表浅，没有经过任何治疗，极少数的孩子肛周脓肿有可能会自行破溃。破溃之后里面的脓汁流出，然后逐渐的愈合，这样周期会很长，可能会持续2-3周，甚至一个月才能逐渐愈合。
这种愈合也会导致里面的脓汁不能够完全的排出干净，从而导致肛周脓肿反复的发作，最后形成肛瘘。所以，肛周脓肿一旦发现，还是建议及时到医院进行就诊，必要的时候需要手术切开引流，尽量把里面的脓汁排放干净，从而促进肛周脓肿的愈合。如果手术切开，一般肛周脓肿一周左右可以愈合。