直肠溃疡、糜烂可以口服柳氮磺吡啶肠溶片、黄连素药物治疗或者对患者进行灌肠治疗。直肠溃疡、糜烂是因为直肠黏膜长期存在炎症导致黏膜溃疡、糜烂，发作时是以腹胀、腹泻、黏液脓血便为主要表现，应尽早使用药物进行治疗。
柳氮磺吡啶肠溶片在直肠场溃疡、糜烂的治疗上是特别常见的，该药物在肠道微生态环境的作用下能够分解出氨基水杨酸和磺胺吡啶，可以长时间的作用于肠壁的结缔组织起到抗菌、消炎的作用，能够帮助改善病情。
黄连素主要成分为盐酸小檗碱，不仅能够消除肠道部位的炎症，还能够达到理气、止痛的作用。部分人在治疗时可以使用灌肠的方法进行治疗，常见的药物有黄连素溶液、大蒜素，灌肠治疗不仅能够直达病灶，还不会对身体脏器造成影响，因此治疗效果比较明显。