预防腹泻可以注射疫苗，目前针对引起腹泻的病原有两种疫苗：一种是针对轮状病毒的疫苗；另一种是针对霍乱弧菌的疫苗。针对轮状病毒疫苗，主张五岁以下儿童注射。因为轮状病毒主要可引起儿童秋季腹泻，尤其对于两岁以下儿童，有可能会出现重症病例，可以表现为大量吐、泻，出现水电解质紊乱，严重患者可以出现低血容量休克。另外，轮状病毒还可以引起肠道以外疾病，可引起肺炎、肝炎及脑膜炎。如果出现肠道外合并症，患者病死率比较高。所以对于五岁以下儿童，可以注射轮状病毒疫苗。
还有一种疫苗是针对霍乱弧菌引起的腹泻，通常是针对陆路口岸、水路口岸，或者是接触到污染水源的工作人员注射霍乱疫苗，一般不针对所有人群进行注射。