目前我国应用的乙肝疫苗分为两种，一种是重组中国仓鼠卵巢细胞乙肝疫苗，简称CHO疫苗，另一种是重组酵母乙肝疫苗。从两种疫苗的保护率和副作用比较，两者无差别，两种疫苗按常规剂量全程接种后，保护率均在90%以上，也就是无论接种哪款疫苗，接种第三针后，90%接种人群都会产生高滴度且持久的保护性抗体，平均保护期是30年。
值得注意的是新生儿接种乙肝疫苗越早越好，最好在出生后两小时内接种。两款疫苗针对乙肝孕妇所分娩的新生儿，需要接种乙肝疫苗，重组酵母疫苗只需要10μg，重组中国仓鼠卵巢细胞疫苗则需要20μg，而不是常规剂量的10μg。但患乙肝的孕妇也不必担心，目前临床上母婴阻断方法已经被所有医疗机构应用多年，产科医师也能熟练掌握不同乙肝疫苗的临床应用。