手足口病作为肠道病毒感染，目前从病因的角度上而言，在西医方面没有什么特效的药物。有人认为在病程的早期应用干扰素α喷雾剂可能会有一定的效果，可以考虑选择中医中药，比如用清热解毒的中成药可能会有一定的效果。
总体来讲，对于手足口病的治疗，药物方面主要是对症治疗，比如积极的控制发热，对于38.5℃以上的患者，可以考虑应用布洛芬、对乙酰氨基酚等等退热药物的治疗。大部分普通的手足口病是一个自限性的病程，不需要更多的治疗。如果是重症，就要送到医院给予更为全面的治疗。