随着医疗技术的进步，肠镜检查目前相对比较安全，但仍然存在一定风险。肠镜检查时有可能会出现肠出血，肠壁比较薄的患者可能会发生肠穿孔，心肺功能比较差的患者还有麻醉的风险。所以，肠镜检查前要准备肠道清洁工作，肠道清洁后缩短操作时间，可以减少风险系数。
若为非无痛性肠镜检查，在检查过程中可能会有腹部不适感，患者常有疼痛，检查前医生要给予讲解，检查之间要给予安抚情绪，减轻患者紧张，提高患者配合度。但若对疼痛比较敏感，建议进行无痛肠镜检查。另外，无痛肠镜检查后患者有麻药的作用，可能会有头晕、乏力，家属护送比较安全。