三岁儿童心脏有杂音一般有以下两种可能：
1、生理性杂音：此种现象比较多见，往往听诊起来比较柔和，属于Ⅰ-Ⅱ级的杂音，只是由于瓣膜的关闭不全造成，一般没什么太大的问题，是生理性的杂音。
2、病理性杂音：往往提示有心脏结构的畸形，其杂音一般是在Ⅲ级以上，Ⅲ-Ⅳ级，甚至VI级，听上去是比较粗糙，有一些特征性的表现，比如收缩期为主，舒张期或者连续性的出现杂音。三岁儿童出现心脏Ⅲ级以上的病理性杂音，提示可能有先天性的心脏畸形。
所以，建议尽早的做心脏超声明确诊断，以免耽误治疗。