支原体、衣原体尿道炎的患者，主要是口服大环内酯类的药物，像阿奇霉素、罗红霉素，还可以加用盐酸米诺环素口服进行治疗，治疗的时间一般是7-10天，甚至更长。在治疗过程中，要注意观察患者对于药物的反应情况，如果使用药物以后效果不理想，需要及时调整药物，如果口服药物效果不理想，需要静脉使用药物进行治疗。
患者在服用药物治疗的同时，要注意休息，多喝水，做好个人卫生，勤换洗内裤，换下的内裤要放在开水煮沸，阳光下暴晒，适当地进食一些蔬菜、水果，补充维生素，增强机体免疫力，要戒烟、戒酒，通过抗感染药物以及生活习惯双重作用来改善症状。