甲减患者吃中药通常难以治愈，导致甲减的原因最常见的是自身免疫性甲状腺病，包括桥本甲状腺炎。这种疾病的患者体内会存在针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺球蛋白抗体、抗甲状腺过氧化物酶自身抗体。这种自身免疫状态通过吃中药，并不能够逆转或者是消失，所以甲减通常持续存在，需要终身进行甲状腺激素的替代治疗。
导致甲减还有其他的原因，如缺碘地区的碘元素缺乏，这个时候吃中药也不能够进行碘元素的补充，需要进行食物当中碘的摄入，如食用加碘盐。有些垂体或下丘脑疾病，由于导致促甲状腺激素合成、分泌下降，也会诱发甲减，而吃中药并不能够治疗。垂体或下丘脑的疾病也不能治愈甲减，所以甲减患者应该规范使用左甲状腺素钠，进行替代治疗。