肝移植三年后也有可能会发生排斥反应，三年后的排斥反应称之为慢性排斥反应，通常发生在移植手术后的数月到数年内，主要表现在排斥物排斥反应以后，移植物的功能持续缓慢下降，移植物逐渐萎缩、功能缺失，从而导致出现一系列的症状。
宿主抗移植物的反应可以分为超急性排斥、急性排斥、慢性排斥，超急性通常在移植术后数分钟到数小时就会发生，急性排斥一般是发生在移植术后的三个月以内。所以，根据不同情况可以给予相应处理。针对出现慢性排斥反应者，主要是及时给予一些药物调整，并积极进行观察，必要时没有办法只能够考虑再移植。