临床上出现肛周脓肿，临床表现主要取决于脓肿位置的高低。一般来肛周脓肿在临床上是直肠肛管周围间隙感染的急性期，感染的细菌主要是肠道菌群，包括革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性杆菌以及厌氧菌。
如果脓肿位置位于肛提肌下方，说明肛周脓肿比较表浅，主要表现为肛周局部的皮肤红肿、疼痛，甚至波动感阳性。
如果肛周脓肿位于肛提肌上方，由于脓肿位置比较高，局部皮肤的红肿、疼痛不明显，通常会出现畏寒、发热的中毒症状。如果肛周脓肿表浅，通常可以通过局部的视诊获得明确诊断。
如果位置比较高或者高位肛周脓肿，通常需要进一步做B超、CT，甚至核磁共振检查才能明确。肛周脓肿形成脓肿时需要及时手术切开引流，并加强抗感染等综合治疗。