支原体感染是否严重，取决于感染的部位，以及为哪类支原体感染。如果是肺炎支原体感染导致的上呼吸道感染或下呼吸道感染，通常情况下病情不是特别严重。如果能够及时应用针对支原体的抗感染药物来治疗，患者多数情况下能够彻底治愈。但如果是人型支原体或者解脲支原体引起的泌尿生殖道感染，患者如果治疗不及时或者治疗不彻底，停药过早，有些患者可以引起慢性、反复的感染。
男性患者可以引起泌尿道的感染，也可以引起睾丸炎和附睾炎，严重的患者可以导致不孕。女性患者如果引起了阴道炎、输卵管炎或者子宫内膜炎、盆腔炎，严重患者也可以导致不孕。支原体引起的泌尿生殖道的感染属于性传播疾病，如果一方感染了支原体之后没有治疗彻底，还有可能传染给性伙伴。所以支原体感染时，如果是泌尿生殖道的感染，病情相对来说比较严重，因为容易转为慢性，可以反复发作。另外，也可以通过性行为来传播，还可以导致不孕，所以泌尿生殖道的感染需要引起重视。