氯雷他定常见的不良反应有乏力、头痛、嗜睡、口干，胃肠道不良反应包括恶心、胃炎以及皮疹等。此药罕见的不良反应有脱发、过敏反应、肝功能异常、心动过速及心悸等，不太常见的反应有生殖系统的乳房痛、阴道炎等。
呼吸系统不良反应有支气管炎、咳嗽、鼻窦炎、喷嚏等，神经系统有激动、焦虑、性欲下降、抑郁、失眠、易怒等，肌肉骨骼系统有肌痛等不良反应。此药还会产生对中枢和外周神经系统，以及心血管系统的反应。
氯雷他定属于长效三环类抗组胺药，可以竞争性的抑制组胺H1受体。虽然没有明显的抗胆碱和中枢抑制作用，但是要知道是药三分毒，长期使用一定会增加副作用的发生率和程度，而且可能产生耐药，因此不建议长期服药。