做小肠镜一般需要四百元到上千元左右，不同的医院做小肠镜检查的费用是不相同的，做小肠镜前还要做术前准备工作。小肠镜检查有其禁忌症，比如急性胰腺炎、急性胆道感染、腹腔广泛粘连等不能做小肠镜。
小肠镜是在胃镜和肠镜没有明显问题，而又高度怀疑肠道病变，需要进一步检查排除小肠病变时做的。胶囊内镜可以用于小肠病变的诊断，属于无痛苦的检查，价格比较昂贵。
小肠镜可以通过放大作用观察小肠黏膜有没有充血、炎症、水肿、肿瘤，同时可以进行取粘膜组织进行病理活检明确病变性质，以便可以进行相应的治疗。