对于肠道管状腺瘤的治疗，要根据腺瘤所在的部位、是否有蒂、大小以及恶性可能，来选择治疗方案。近年来结肠镜技术广泛应用，内镜摘除腺瘤已经取得很大的进步，减少了开腹手术率，常用内镜下高频电凝切除术，也可以用激光或微波治疗。但是有10%左右的病例仍然需要外科切除，包括10个以上的多发性、体积较大，以及局限于某一段肠管的腺瘤，还有较大的腺瘤堵塞了大半肠腔，蒂部显示不清或者为广基腺瘤，基底直径＞2cm，这些情况要进行外科手术治疗。但手术治疗也要权衡利弊，报道表明40枚腺瘤可能在内镜下成功切除，所以要根据患者的情况进行选择。
肠道管状腺瘤切除后有复发的风险，每半年要进行一次肠镜检查，了解病灶是否有复发，并给予及时地治疗，饮食上要尽量清淡，因为刺激性的食物会导致其复发。