肾囊肿伴有钙化不能够自愈。肾囊肿是泌尿外科常见的一种肾脏良性病变，一般直径＜5cm的肾囊肿，病人没有明显的症状，可以不用特殊治疗，定期复查观察其大小的变化就可以。
肾囊肿伴有囊壁的钙化，往往是由于炎性刺激后，囊壁出现钙盐沉积导致，不可以自愈。另外，通过药物治疗效果也不是很好，往往需要手术治疗，特别是当囊肿大于5cm，有明显的腰部胀痛症状时，可以考虑做腹腔镜手术治疗。当囊肿内的液体出现了浑浊，且囊肿有分隔时更要小心，有一部分病人可能会发生癌变，应该及时到泌尿外科进一步的诊治。