鳃裂囊肿手术不属于大手术，一般属于中等手术。手术都是在全麻下进行，在囊肿的表面进行切口沿着皮肤纹理进行切开，然后分层进行切开直到显露囊壁，沿着囊壁进行钝性或者锐性剥离将囊肿完整摘除。因为囊肿附近都会有神经或者血管，所以在手术当中需要注意避免损伤神经血管造成不必要的副损伤，比如第一鳃裂囊肿位于腮腺区，在囊肿手术的时候要分离面神经。如果面神经和囊壁比较近必须首先分离出来，然后保护面神经的各支再把囊肿完整摘除。如果囊肿和面神经没有明显的关系，可以直接摘除即可。如果是第二鳃弓的囊肿，需要保护副神经。有的鳃裂囊肿还有内口，需要将内口也完整切除。