为什么会有巧克力囊肿，回答是因为得了子宫内膜异位症，当内膜异位在卵巢上就可以出现巧克力囊肿。正常子宫内膜是在子宫腔内，子宫腔内的内膜，随着卵巢周期性排卵，它周期性剥脱而形成月经排出体外。
当某些原因导致子宫内膜异位在子宫外面，可以在盆腔、腹腔、直肠窝，也可以异位在卵巢、输卵管等。当这些异位的内膜，随着卵巢周期性排卵也出现周期性的出血。这种出血不能够排出体外，而在体内引起一系列的症状，这时候的病症叫子宫内膜异位症。
假如异位内膜异位在卵巢上或者卵巢内，随着卵巢排卵，在卵巢内或卵巢表面的异位内膜也可以出现出血，这种血不能够排出，而在局部形成液体囊肿。这种囊肿随着一次次月经来潮，囊内出血可以越来越多，也可以导致囊肿越来越大。这种血在卵巢内变的陈旧，可以像巧克力一样，所以临床上称为卵巢子宫内膜异位囊肿，通俗的称法叫巧克力囊肿。所以得了子宫内膜异位症的病人，巧克力囊肿是它的一种临床表现形式。