肛周脓肿形成肛瘘的时间不固定，如果患者做脓肿切开引流手术，有可能在半年左右会形成肛瘘。如果患者没有做手术，脓肿自行破溃，有可能在两个月左右会形成肛瘘。
肛周脓肿和肛瘘在疾病发生之初，症状及病因相同，一般在患者肛门内部有潜在的内口出现。所以，有很多患者会继发在肛窦炎的基础上出现肛周脓肿或肛瘘。其早期症状不典型，可能会有肛门周围的不适症状，后期脓肿范围继续增大时局部可有疼痛，会出现发烧。此外，有些患者脓肿会自行破溃，表面有破口，还有脓液流出，若没有及时到医院进行治疗，脓腔范围继续缩小，但内部的感染灶存在，故慢慢会形成肛瘘，一般在两个月左右时有典型的肛瘘症状出现，表现为肛门周围有红肿的外口，有脓液流出，可反复出现破溃等，常需要做手术治疗。