在临床上，可以用来治疗胆管癌的化疗药物有很多种，常用的主要包括吉西他滨、顺铂、卡铂、草酸铂、白蛋白紫杉醇等，也可以采用一些氟尿嘧啶类的化疗药物，比如5-氟尿嘧啶、卡培他滨、替吉奥胶囊等药物来进行治疗。这些临床常用的化疗药物，常是两种组成一个联合的化疗方案来使用，能够起到更好的治疗作用。
对于一些晚期的胆管癌病人来说，这些联合的化疗方案，会有一定的控制病情发展、减轻痛苦，并且延长病人生存期的作用。但大多数胆管癌对化疗往往并不敏感，目前也没有用来治疗胆管癌的标准化疗方案。临床上胆管癌病人采用化疗的方式进行治疗，主要是借鉴胰腺癌的治疗方案来进行。为了进一步增加胆管癌治疗的疗效，在化疗的同时，还可以配合放射治疗，或者配合抗血管生成的靶向药物，在一定情况下，这些药物的联合使用，可以起到一定的协同治疗作用。