肾结石并非都能自然排石，如果无法排出，可以根据结石的大小、位置、性质，选用非手术治疗或者是手术治疗。非手术治疗的适应症是无症状和无梗阻的肾盏结石、憩室结石，合并髄质海绵肾患者，或者结石导致患肾无功能、无症状，而对侧肾功能正常，还有存在体外冲击波碎石和各种手术禁忌症的患者。在日常生活中，要调整饮食结构和饮水习惯，控制体重，使24小时尿量维持在2L以上。对于高尿钙的患者限盐，保证每日钙摄入量1000mg，少吃富含草酸的食物，适当运动，适当限制动物蛋白的摄入。
如果出现症状或结石增大，造成梗阻，需要采用外科治疗，包括体外冲击波碎石术、输尿管软镜碎石术，以及经皮肾镜碎石取石术。体外冲击波碎石适合小于2cm的肾盂内结石，或者是肾脏的上盏、中盏结石。对于肾下盏结石小于1cm，可以首选体外冲击波碎石术。对于冲击波碎石效果不佳，或者是定位困难、极度肥胖、严重脊柱畸形、经皮肾镜建立通道困难者，可以考虑做输尿管软镜碎石取石术。对于体积大于2cm的结石，如果没有明显的禁忌症，可以考虑经皮肾镜碎石取石术，清石的效率比较高。