新生儿可以吃益生菌，益生菌在肠道内能形成生物屏障，排斥和抑制有害细菌，产生对人体有益的物质，促进消化吸收与肠蠕动，增强人体免疫力。新生儿在胎儿时期就通过羊水吞咽了从母体来的益生菌，在通过产道分娩时也会促进体内益生菌迅速的生长。
生后随着开奶，尤其母乳喂养时能够促进肠道内益生菌的增加，也就是正常宝宝体内有益生菌。在益生菌量比较少、活性比较弱的情况下宝宝如果出现了腹泻、消化不良、便秘、恶心、呕吐，可以给宝宝服用益生菌，而且益生菌在宝宝的腹泻好了之后建议持续的巩固维持几天。
另外，酸奶不能够代替益生菌，益生菌不能够长期吃，可以根据医生的医嘱服用一段时间，不能把益生菌当作保健品服用。