肛门脓肿的治疗最好做外科手术切开引流，同时配合内科的抗炎对症处理，效果最好。
肛门的脓肿属于感染性疾病，对于感染性的疾病清除感染灶是首要的任务，外科手术的切开引流可以很好的解决这个问题。对于一些残腔遗留的细菌，全身静脉或者口服抗生素治疗是非常必要的。
由于感染会造成不断的消耗，一些相应的营养支持治疗也是非常重要的环节之一。如果发现肛门处有脓肿，建议到正规的专科医院系统的检查，明确脓肿的部位、性质后选择外科手术及时切开引流，同时静脉滴注抗生素有效的对症治疗。