一般而言，女性沙眼衣原体的感染需要治疗7-14天，即需要2周的时间能够痊愈。
沙原衣原体感染可以导致多种女性疾病，如尿道炎、盆腔炎、输卵管炎等等。因此对于不同部位的感染，其治疗效果也不尽相同。如引起输卵管炎的慢性炎症，就不容易彻底治愈，即使正规服用药物2周的时间，也不一定能够完全治愈。若只是普通的尿道炎，生殖道感染，使用抗生素7-14天基本能治好，但是容易反复，治疗不彻底。在女性治疗的过程当中，还需要伴侣也进行相应的治疗。
感染沙眼衣原体的患者在生活中要做到不与他人共用毛巾、盆等私人物品；注意保持外阴的清洁，患病期间内裤应煮沸消毒，在太阳直晒下干燥。