婴儿脑积水的预后，取决于原发病的严重程度，以及脑积水控制的程度。脑积水是相对比较严重的中枢神经系统疾病，主要的原因是先天的发育问题，或者由于肿瘤阻塞脑脊液的循环，或者如感染也可能会引起脑脊液循环的障碍，以及颅内出血等等，都可能会引起婴儿脑积水。中枢神经系统疾病，本身没有治疗成功的，脑积水缓解的效果也会差一些。
对于脑积水可以采取治疗的措施，如果脑积水没有明显的缓解，不利于中枢神经系统正常的神经组织发育。如果脑积水控制的相对较好，脑室大小也基本上和正常孩子差不多，有利于正常神经组织的发育。因此对于婴儿脑积水一方面需要积极的治疗原发病，另外一方面要积极的治疗脑积水。只有原发病治疗的比较好，同时脑积水控制的也是比较好的情况下，婴儿的预后相对也会比较好。但对于正常的孩子还是更高危一些，需要定期在儿科进行神经系统发育方面的评估，并及时给予针对性的指导。