新生儿肠套叠最常见的症状是阵发性哭闹，每间隔3-5分钟小孩就哭闹一次，而且哭闹时不宜安抚，尤其是喂奶的时候新生儿有拒乳的表现。肠套叠时间比较长的，可以引起新生儿发生血便，甚至还会发生肠坏死。
所以早期如果新生儿有阵发性的哭闹伴有腹泻，甚至是有肉眼血便的时候，要想到新生儿肠套叠，有时候肠套叠还会引起肠梗阻，新生儿发生呕吐。
严重的时候会导致坏死性的小肠结肠炎，会伴有发热、血小板明显的降低，所以新生儿肠套叠要早期诊断和治疗。