治疗后扁平疣可以复发，但复发率并不是很高。扁平疣是由人类乳头瘤病毒感染皮肤引起的，是一个慢性病程，多数病例在感染1-2年或更久后，皮损可以自行消退，少部分患者反复发作十分顽固。扁平疣感染可以分为临床型、亚临床型和潜伏感染，亚临床型和潜伏感染是疾病复发的主要原因。
扁平疣自行消退或经系统治疗，好转以后只是达到了一个临床治愈，乳头瘤病毒并没有完全清除，仍然潜伏在人体。一旦人体免疫力下降的时候，病毒可以再次活化，从而引起皮肤的再次感染。预防扁平疣的复发，可以在临床治愈后外用干扰素凝胶坚持6-8周，十分顽固的扁平疣病例，治疗上可以采用光动力治疗，光动力治疗可以清除亚临床感染和潜伏感染的人类乳头瘤病毒。