患有肛窦炎可以使用以下几种药膏进行涂抹治疗：首先，可以使用痔疮膏，比如马应龙痔疮膏，具有生肌止痒、消炎止痛的功效，涂抹时可以使用棉签蘸取适当药物，深入肛门之内，涂抹疼痛的部位以及有炎症的部位，有利于药物的渗透。其次，可以使用消炎止痛栓剂，直接将栓剂推入肛门内静置一段时间，可以起到止痛、消炎的作用。对于情况不是很严重的肛窦炎，如果是属于比较严重的肛窦炎，单纯的依靠涂抹膏药是不可能治愈的，配合口服甲硝唑、环丙沙星进行治疗，药物无法控制者或者已经化脓者，需要进行手术切开引流。