腱鞘囊肿需要鉴别的其他疾病并不多，临床诊断是比较明确的，根据腱鞘囊肿发生的部位不同，可以进行相应的鉴别，比如腱鞘囊肿发生于手背，先应该考虑腱鞘囊肿。
腱鞘囊肿表现为质韧或者质硬、边界清晰的、比较固定的包块，超声检查可以发现包块内是低回声的积液，手背还容易出现滑膜炎症反应和滑膜增生，滑膜增生的结果是手腕弥漫性肿胀，没有明显的边界，质软，有明显的压痛，有时会影响肌腱的滑动，甚至是出现肌腱的断裂。
手指的腱鞘囊肿要与腱鞘巨细胞瘤鉴别，腱鞘巨细胞瘤是实性肿物，表面经常有结节感，超声检查是实性肿物，不是囊性肿物，腱鞘巨细胞瘤经常会包绕肌腱生长，而腱鞘囊肿则与肌腱有明显的间隙。