真菌性灰指甲的治疗，目前以抗真菌的口服药物为主，常用的有伊曲康唑胶囊、特比萘芬片、氟康唑胶囊等，并且对于灰指甲的治疗疗程一定要足够。
对于手指甲的灰指甲，大约需要2-3个月；对于足部的灰指甲，大约需要3-4个月，其治疗必须在肝功能正常的情况下使用。
部分如果年龄比较大，肝功能不好的人群，也可以使用外用的药物，比如阿莫罗芬搽剂外涂，2次/周，效果也是可以的，但是需要治疗的周期更长。