尖锐湿疣主要是由于感染了人乳头瘤病毒6型和11型所引起，所以只要不感染人乳头瘤病毒6型和11型，一般就不会引起尖锐湿疣。人乳头瘤病毒目前已经有100多种，其中有40多种可以感染肛门、生殖器等区域，人乳头瘤病毒感染在人群当中很普遍，不同亚型与不同的疾病相关，大多数生殖器的人乳头瘤病毒感染具有自愈倾向，即能够自行清除，不引起相关疾病。
当人乳头瘤病毒感染不能清除时可能就会发展为尖锐湿疣，部分尖锐湿疣与发生癌变的风险增高有关，称为高危型人乳头瘤病毒。其余的与癌症发生没有明显关系，称为低危型人乳头瘤病毒。90%的尖锐湿疣是由低危型人乳头瘤病毒6型和11型引起，有时尖锐湿疣也存在着低危型和高危型人乳头瘤病毒混合感染。