如果儿童出现咽峡炎，通常合并病毒感染，其恢复需一周的时间。
如果患儿出现全身症状，包括发烧和乏力，一般伴有细菌感染，所以需给予口服抗生素以及抗病毒类药物，如清热解毒口服液、蒲地蓝消炎口服液联合治疗，一周的时间可完全康复。在治疗期间一定要注意避免辛辣、刺激、油腻的食物，多喝蔬菜汁、水果汁，多吃一些蛋白丰富的食物，如牛奶、鸡蛋、瘦肉，增强抵抗力，抵抗力增强以后可以有效控制咽峡炎的进一步发展。
疱疹性咽峡炎具有传染性，且以侵犯儿童为主，因此家长应该对患者所使用的餐具、衣物进行及时的消毒。当患者出现发热的时候，应该及时采取物理降温措施。