手足口病，至今也没有什么特异性的预防方法，主要还是加强检测，提高敏感性是本病控制流行的关键，做好疫情报告。托幼机构做好早晨入院的检测，及时的发现病原，采集标本用作病原学诊断。做好患者的粪便及其用具的消毒，预防疾病的蔓延扩散。流行期间家长尽量少要孩子到拥挤的公共场所，减少感染的机会。医院加强预防，设立专门的诊室预防交叉感染。
对于伴有严重并发症的地区，密切接触者，患儿可以注射免疫球蛋白。近年来针对重症的手足口病的预防，有EV71的疫苗接种，建议家长及时进行疫苗接种，预防因为EV71病毒感染引起的重症手足口病。提高患儿的抵抗力，加强卫生，饭前便后要洗手，不吃手，个人的卫生习惯其实非常重要。