功能性下丘脑闭经的治疗，要根据患者是否有生育要求来制定治疗方案。如果患者有生育要求先通过服用激素，建议正常的月经周期，再服用促排的药物促进卵子的排出。
常用的激素类的药物有：黄体酮、避孕药等，常用的促排药物有：氯米芬、尿促性素、溴隐亭等。如果没有生育要求，单纯的服用激素类的药物，建议正常的月经周期即可。
患有功能性下丘脑闭经的患者，往往会伴有不同程度的心理障碍，心理障碍严重者需要配合进行心理治疗。
功能性下丘脑闭经是闭经中比较严重的一种，但是按医嘱规范的进行治疗，其预后还是往往比较好的，多数患者治疗后可以成功受孕。