治疗脑血栓最好的方法可能是时间，就是发现的越早，症状处理越及时，预后会越好。如果患者出现了脑血栓的症状，最好及时到医院的神经内科就诊，通过脑卒中的绿色通道，在发病3-4.5小时之内，可以用静脉溶栓治疗，常用的药物有阿替普酶，在条件缺乏的地方，在6小时之内也可以用尿激酶。
在发病24小时之内，如果是有大血管的闭塞，推荐是血管内的治疗，也就是机械取栓等介入疗法，对大血管病变导致脑卒中的疗效也比较好。在发病24小时之后，要改善脑血栓的预后，急性期可以通过保证脑的灌注、抗血小板聚集、降脂等这些对于这些危险因素的干预，急性期可以用丁苯酞氯化钠注射液等对自由基的清除，改善脑组织微循环的治疗都会对血栓的预后有好转。但其实脑卒中应该是重在预防，最好是不发生，以及发生了之后对危险因素控制好，减少复发。