有蛋白尿以后，先要对蛋白尿进行定性、定量的诊断，并进行一些相关的辅助检查，明确蛋白尿发生的原因，然后根据原因的不同进行相应的处理。在蛋白尿发生的原因当中，有生理性蛋白尿和病理性蛋白尿，生理性蛋白尿往往见于剧烈运动、发热、寒冷、交感神经兴奋或者血管活性药物的使用，这类蛋白尿是一过性的，身体没有器质性病变，当诱因去除后蛋白尿自然就可以消失，而病理性蛋白尿往往见于各种肾脏或者其它系统疾病对肾脏的影响，而产生的蛋白尿，常见的有肾小球性蛋白尿、肾小管性蛋白尿、溢出性蛋白尿和组织性蛋白尿，这一类蛋白尿的处理则是要根据具体的病因进行处理，患者可以到肾内科或者相应的内科进行就诊，必要的时候要行肾穿刺活检。
此外，还有一种假性蛋白尿往往是由于泌尿系统炎症引起来的，由于炎症刺激、分泌物增多、细菌的存在等，导致蛋白尿出现，因此对于这类蛋白尿的处理往往是以抗炎治疗为主，等炎症控制以后蛋白尿即可消失。