目前临床上对于肛门脓肿不提倡采用所谓的保守治疗，临床上所谓的保守治疗，也就是药物治疗、非手术疗法。肛门脓肿一旦形成，如果是位置比较低时，通常伴有局部的剧烈疼痛。如果位置比较高，通常会引起脓肿中的细菌毒素大量释放入血液，甚至会引起畏寒、高热等中毒症状。
临床上对于肛周脓肿一旦形成，通常需要及时的行脓肿切开引流，以避免脓肿压力过高，甚至引起毒血症状，而且肛周脓肿经过切开引流以后，多数会演变成肛瘘反复发作，迁延不愈。形成肛瘘后通常需要行肛瘘切除，如果位置比较高或者内口开口于肛提肌上方，通常需要行肛瘘挂线。如果是高位复杂性肛瘘，甚至需要两次以上的挂线治疗才能获得治愈。所以目前在临床上对于肛周脓肿，不采用所谓的保守治疗，通常需要及时的手术切开引流，以免引起严重的中毒感染症状。