扁桃体结石通常发生在慢性扁桃体炎，尤其隐窝口有炎症，导致隐窝里有食物残渣、细菌、脱落上皮形成的颗粒，时间长了钙化形成的结石。如果结石比较大，可以通过镊子、棉签挤压处理隐窝，冲洗一下，也可以用专门的冲洗器进行冲洗，压力不能过大。
如果扁桃体结石比较少，没有症状，也可以不用干预。如果扁桃体结石有症状，比如咽部异物感、口臭的情况，一方面清理结石的同时；另一方面给予含片、漱口水、治咽喉炎的中成药进行治疗。隐窝口的炎症好转、痊愈后，食物残渣就不会残留在隐窝口，结石就能痊愈。如果是扁桃体反复出现结石，面积比较大，结石比较多，这时可能会考虑扁桃体切除。